桂林市基督教堂原为桂林浸信会礼拜堂，始建于1912年5月，位于桂林市十字街广场中山中路37号（旧185号），原教堂在抗日战争中被毁，抗战胜利后重建。
桂林基督教在解放前，因所属差会不同，主要教派有：宣道会、圣公会、浸信会、基督徒聚会处、信义会；还有西南浸信联会圣经学校、泰东神学院；并有两所教会医院：圣公会道生医院（现桂林市妇女儿童医院的前身）和浸信会锡安医院（现桂林市第二人民医院的前身）。
解放初期，桂林教会各宗派教牧人员及信徒响应中国基督教会三自革新运动的号召，消除宗派成见，联合起来，共同在浸信会礼拜堂举行联合礼拜聚会。
1966年“文化大革命”后，教堂被占用，聚会活动被迫停止。文革结束后， 1980年圣诞节，桂林市基督教会在教堂正式恢复聚会活动至今。
1992年前后，因城市改造需要，在市政府统一规划下，原教堂出让给市商业总公司建微笑堂商厦，由该公司出资在中山中路50号（旧456号）新建了本教堂。新教堂于1994年10月落成，建筑为哥特式风格，用地面积1309.9平方米，占地747.4平方米，建筑面积1828.5平方米。
2011年11—12月进行了教堂的内部装修。
2012年5月27日，举行了桂林市基督教堂百年堂庆。
