香港有教育界人士表示现今基督教教育在教育全球一体化及世俗化的两大趋势下，正面临难以避免的挑战。
本身为兴学证基协会董事的汇基书院（东九龙）校长杜枝生博士在“今日基督教教育”中表示，今日香港教育除了面对校内人事，校董或教师的问题外，还要面对政府的教改政策等，可以用“混乱”二字来形容。而基督教教育亦是充满了挑战，甚至他认为基督教教育比一般教育所面临的挑战更大。
他表示，基督教教育本身具独特性，以神的真理和绝对的标准为依归，并且不会与人的准则妥协，然而全球教育正走向一体化，在此前提下，统一和谐及妥协成为追求的目标，或会为基督教教育带来冲击。
他又表示杜威（杜威）的实用主义主张事情的真与假是随现实环境而转变，不相信有绝对的真理，这思想对现今教育影响很深远，对以圣经权威及绝对真理为基础的基督教教育的冲击亦大，面对无神论，无绝对标准的政府政策，老师不知不觉间被世俗化，基督教学校亦将难以持守其信仰的纯正性。
杜校长强调基督教教育需要极力持守。他建议三点持守的方法，第一是要明白基督教教育建基于圣经真理，因此是最好的，要有自我的肯定与坚持，并让社会知道基督教教育所相信的是什么，准备好解释及捍卫一己的立场。第二是要将信仰带入教学中，在灵性，品格，学术及非学术方面都做到卓越和最高，因为神有最高的标准。第三是要清楚自己是讨神的喜悦而非人的喜悦，明白这一点才能保持基督教教育的特色，不跟从世界走世俗化的路。
其实，基督教教育备受冲击的事例在全世界已屡见不鲜。去年意大利法庭判决要一学校取下挂在课室的十字架，美国的同性恋倡议者努力将鼓吹同性恋的教科书渗入学校课程中，外国在学校放置安全套贩卖机等，这些均直接或间接冲击基督教教育，或将圣经真理为本的道德标准模糊化。
